Задачами ГСЭС являются:

организация и осуществление судебно-экспертной деятельности;

оказание методической и методологической помощи судебным и правоохранительным органам в применении специальных знаний и технических средств;

обеспечение обучения в области судебной экспертизы;

организация подготовки и повышения квалификации экспертов Кыргызской Республики.

Также предполагалось, что в соответствии с вышеуказанным Указом Президента основными целями создания и функционирования ГСЭС будет:

- дальнейшее развитие судебно-экспертной деятельности и расширение видов проводимых судебных экспертиз;

- совершенствование имеющейся методологической базы, унификация методики проведения экспертиз, расширение и улучшение имеющейся материально-технической базы;

- установление упрощенного порядка обслуживания правоохранительных органов, сокращение сроков производства и повышение качества экспертиз, в том числе путем использования инновационных технологий и повышения экспертного потенциала;

- придание импульса для параллельного развития независимых экспертных организаций в узкоспециальных специфических сферах (ДНК, фоноскопия и т.д.) с созданием единых стандартов и требований.